Nhân loại đã lên mặt trăng để ẩn náu nhằm tổ chức một cuộc phản công và hỗ trợ cho lực lượng kháng chiến còn lại của con người trên Trái đất, dưới tổ chức YoRHa do Hội đồng Nhân loại lãnh đạo. Những người lính Android được sử dụng cho phần lớn cuộc chiến, với 2B và 9S được gửi đến để chiến đấu thay mặt nhân loại.
Hành động trong NieR: Automata thật tuyệt vời, khi thấy 2B và 9S sống động dưới dạng hoạt hình trong cuộc chiến chống lại máy móc rất phù hợp với phương tiện. Bám sát chủ yếu vào cốt truyện gốc của trò chơi trong tập đầu tiên, tập hai phân nhánh thành một câu chuyện gốc của anime tập trung nhiều hơn vào Kháng chiến mang đến cho người hâm mộ trò chơi một cái nhìn sâu sắc mới về thế giới NieR ngoài những gì một trò chơi thông thường sẽ làm tặng người hâm mộ. Chìa khóa cho điều này là nhân vật có tiếng nói nhất của Resistance cho đến nay, người máy Lily mà độc giả manga sẽ nhận ra, có khả năng là một tính năng lớn trong việc chuyển hướng câu chuyện khỏi câu chuyện của trò chơi.
